1638, Portugal: Die Jesuiten-Priester Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) und Francisco Garupe (Adam Driver) bekommen einen heiklen Auftrag. Ihr ehemaliger Mentor Cristóvão Ferreira (Liam Neeson) ist als Missionar nach Japan ausgewandert und soll Gerüchten nach vom Glauben abgefallen sein. Die jungen Priester reisen ihm nach, ohne die geringste Ahnung von seinem Aufenthaltsort im fremden Land zu haben. Zu allem Überfluss wird Japan von Unruhen erschüttert. Nachdem die bekehrten Christen gegen die feudale Regierung rebellierten, werden sie erbarmungslos verfolgt. Die meisten können ihre Religion nur heimlich praktizieren, andere werden gefoltert und sterben als Märtyrer. Schon bald wird es auch für Sebastião und Francisco brenzlig. Während sich die politische Lage immer mehr verschärft, wird ihr Glauben auf eine harte Probe gestellt.

Martin Scorsese hat sein Herzensprojekt verfilmt: den Roman "Silence" über die brutale Jagd auf Christen im Japan des 17. Jahrhunderts. Es ist ein Lehrstück über die Gefahren des religiösen Fundamentalismus geworden.