Nell'Italia del 1610 Caravaggio è uno dei pittori più brillanti e apprezzati, sebbene i suoi soggetti non rispettino i canoni dettati dalla Chiesa. Dopo essere stato informato che Caravaggio ritrae prostitute, ladri e vagabondi, papa Paolo V ordina al servizio segreto vaticano di indagare per decidere se concedere o meno al pittore la clemenza utile a evitargli la pena di morte per l'omicidio di un rivale in amore. L'incaricato, conosciuto semplicemente come "l'Ombra", dà così avvio a un'inchiesta che lo porterà a scoprire i vizi e le virtù contrastanti dell'artista la cui vita - o morte - è nelle sue mani.