Fünf Jahre nachdem die Pläne des skrupellosen Lord Business vereitelt werden konnten, haben die DUPLO-Invasoren aus dem Weltall die heile LEGO-Welt zerstört. Mittlerweile ist Steinstadt nur noch eine postapokalyptische Brache, die heute Apokalypstadt heißt. Emmet führt sein Leben jedoch unbeirrt weiter. Im Gegensatz zu allen anderen, die sich für weitere Kämpfe wappnen, sieht er darin keinen Sinn. Doch dann müssen sich die Helden erneut zusammentun, um eine Bedrohung abzuwenden, denn ein außerirdischer Eindringling namens General Mischmasch aus dem Systar-System erscheint auf der Bildfläche.